A história gira em torno do conflito entre as nações do mundo e Noise, um misterioso inimigo que ao fazer contato com os humanos os torna em uma massa de carbono. Então, para enfrentar ele o Homem deve usar uma última tecnologia nada convencional. A história acontece em Tóquio, em um futuro próximo. Onde o governo japonês tem patenteado o Symphogear System, uma roupa que permite vencer os Noise.